في مجال العلوم فقد حافظت الإسكندرية على مكانتها القديمة في الدراسات الفلكية والرياضية والطبية ، وأول من يُذكر في هذا المقام العالم الفلكي الرياضي الجغرافي الفذ كلوديوس بطلميوس الذي ولد بمدينة بطلمية بصعيد مصر وأزدهر علمه بالإسكندرية في القرن الثاني الميلادي ، وهو الذي عرفه العرب باسم بطلميوس الجغرافي حيث أشتهر عندهم بكتابه العظيم في الرياضيات والفلك الذي أسموه "المجسطي" ، وهو تصحيف عربي للعنوان اليوناني للكتاب ، وقد قيل عن هذا الكتاب الموسوعي إنه ظل "إنجيل" الفلك حتى أيام كوبرنيكوس .
أما الجغرافيا فقد تصدى كلوديوس بطلميوس لدراستها على أساس معرفته الرياضية والفلكية فوضع كتاباً موسوعياً أيضاً في ثمانية أجزاء ، ورسم خريطة للعالم حدد عليها الأماكن بنسب أبعادها الصحيحة ، فكان الكتاب والخريطة نقلة مهمة في علم الجغرافيا القديمة.